Historie kostela
Farní kostel svaté Markéty byl vysvěcen v roce 1738. Stal se Janu Adamu Questenberkovi jakousi zámeckou kaplí. Vznikal téměř současně s barokní přestavbou zámku a na jeho vzniku se proto podíleli i stejní umělci.
Otázka architekta je trochu složitější. V literatuře se uvádí Hildebrant, Fischer z Erlachu nebo Prandtauer. Stavby těchto věhlasných autorů hrabě jistě znal a zpočátku si u nich i nějaké plány nechal udělat. Kostel se ale stavěl až později, kdy už musel víc šetřit. Hrabě stavěl na několika místech, zadlužil se a jeho stavitel Domenico ďAngeli musel často upravovat plány, takže se bouralo a předělávalo. Půdorys kostela se nápadně podobá kostelu sv. Petra ve Vídni, jehož stavbu po Gabrielu Montani převzali Jänggl, Martinelli a Oedtl, kteří dříve, či později s hrabětem spolupracovali. Hypoteticky by podle Petra Fidlera mohl být autorem návrhu půdorysu právě Franz Jänggl.
Kostel je klasicky východně situovaný. Na západní straně je široké průčelí spojující dvě diagonálně postavené hranolové věže. Severní zvonová věž byla vystavěna již roku 1732, ale v roce 1773 se její vrchní část zřítila. Věž již nebyla uvedena do původního stavu a až roku 1782 byl kostel dokončen dostavbou průčelí i jižní věže, do té doby dovedené pouze do prvního patra, do dnešní podoby. Zvony v severní věži, až na zvon svatá Markéta z roku 1702, byly dvakrát zrekvírovány, proto v roce 1994 přibyl na novou ocelovou zvonovou konstrukci zvon sv. Václav, Panna Maria Pomocnice a umíráček svatý Josef.
Chrám je centrální stavbou. Loď má tvar elipsy, jejíž délka je 20 m a šířka necelých 15 m, výška až k lucerně je 44 m.
Po obvodu lodě jsou dva větší boční oltáře a čtyři menší s rakvovými relikviáři. V nich jsou umístěné relikvie sv. Vincence, sv. Reparaty, sv. Urbana a sv. Konstantina, které hrabě získal v roce 1726 od papeže Benedikta XIII. Oltáře jsou zasvěceny sv. Vincenci, sv. Reparatě a sv. Janům, Nepomuckému a Sarkandrovi. Sochař Kašpar Ober doplnil všechny oltáře sochami světců.
Kazatelna je postavena podle ustáleného vzoru ještě z období renesance, barokními řezbami ji opatřil v roce 1698 Jan Joachim Hitzendorf. Naproti kazatelně je mariánský oltář pocházející ze zámecké kaple v Maříži.
V prvním patře kostela jsou čtyři zpěvácké chóry a vzadu jeden velký pro hudebníky. Na hlavním kůru jsou pneumatické varhany z roku 1974.
Velmi důležitou osobou pro výzdobu celého kostela se stal vídeňský výtvarník, umělecký poradce Karla VI. a šlechty, Konrád Adolf von Albrecht. Kolem roku 1728 vypracoval úplný program na výzdobu chrámu sv. Markéty v Jaroměřicích. Proto je celková koncepce kostela jednotná a tematicky vyvážená. Malířská i sochařská díla se navzájem doplňují a postupně gradují.
Loď kostela i presbytář jsou bohatě vyzdobeny freskami od Karla Františka Teppera. V lodi nad římsou jsou 4 evangelisté a 4 církevní učitelé. Mezi římsami v tamburu je 8 alegorických postav Blahoslavenství. V kopuli je ve spodní části 10 ctností a horní část kopule je nebe svatých, které osvětlují okna lucerny zakončené trojúhelníkem symbolizujícím boží trojici. Celý prostor lodi kostela tedy vypovídá o tom, že věřící za pomoci písma svatého a církevních učitelů, přes blahoslavenství, která se snaží naplňovat, získá ctnosti a dostane se mezi svaté ke svému Bohu, o což usiluje celý život.
Fresku v presbytáři, Oslavu svaté Markéty, vytvořil F. A. Findt. Tento malíř je i autorem hlavního oltářního obrazu, který není oslavou patronky sv. Markéty, jak bývá obvyklé, ale je na téma stvoření světla. Středem obrazu se skrze černá mračna dere světlo, Duch svatý, a osvětluje Boha s otevřenou náručí. Ten žehnajícím gestem pravé ruky upozorňuje na Kristovo zmrtvýchvstání, což je jeden z menších výjevů, které lemují celý obraz a představují vzájemně korespondující děje Starého a Nového zákona. Tyto malé výjevy po Findtově smrti dokončili jeho pomocníci. Celá scéna vrcholí v horní části, kde na duze sedí vzkříšený Kristus. Plátno je o velikosti 8 x 4 metry.
Před tímto obrazem se vznáší patronka kostela, svatá Markéta. Zlacený svatostánek kuželovitého tvaru je zdobený řezbami.
Za vstupními dveřmi vzniklo v roce 1957 malé zádveří vytvořené Josefem Kapinusem. Na vnitřní velká vrata vyřezal čtyři evangelisty a traduje se, že jsou to portréty Otokara Březiny, Františka Bílka, Josefa Floriana a Jakuba Demla.
Kostel svaté Markéty v Jaroměřicích nad Rokytnou byl postupně rekonstruován a interiér i částečně upraven pod vedením děkana Václava Küchlera od roku 1959. Další generální oprava probíhala v letech 2019 – 2022 díky dotaci z Integrovaného regionálního operačního programu (IROP). Manažerem projektu byl Pavel Vlk.